Para su operación, el ONIS contará con un Comité Técnico, presidido por la Subsecretaría de Integración y Desarrollo del Sector Salud, y un Secretariado Técnico, instancias responsables de la organización y difusión de las actividades del ONIS. El Comité Técnico estará integrado por un número non de expertos.
El ONIS se organizará en mesas de trabajo, coordinadas por el Comité Técnico y facilitadas por el Secretariado, con una participación intra y multisectorial, y un rol amplio para el sector social. Asimismo, se buscarán sinergias con experiencias similares y con las agencias internacionales relevantes para la temática.